1// The Computer Language Shootout
2// http://shootout.alioth.debian.org/
3//
4// contributed by Jesse Millikan
5// Base on the Ruby version by jose fco. gonzalez
6
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8var dnaInput = ">ONE Homo sapiens alu\n\
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245CATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGC\n\
246CTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGA\n\
247GGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCC\n\
248GTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA\n\
249GGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCC\n\
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319AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG\n\
320GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC\n\
321TGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA\n\
322TACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA\n\
323GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT\n\
324GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC\n\
325ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT\n\
326TCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGC\n\
327CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG\n\
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334GACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA\n\
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343>TWO IUB ambiguity codes\n\
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844>THREE Homo sapiens frequency\n\
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1679
1680dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
1681
1682var ilen, clen,
1683 seqs = [
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1688  /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
1689  /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
1690  /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
1691  /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
1692  /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
1693 subs = {
1694  B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
1695  M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
1696  V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
1697
1698ilen = dnaInput.length;
1699
1700// There is no in-place substitution
1701dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
1702clen = dnaInput.length
1703
1704var dnaOutputString;
1705
1706for(i in seqs)
1707    dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
1708 // match returns null if no matches, so replace with empty
1709
1710for(k in subs)
1711    dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k], "g")
1712 // search string, replacement string, flags
1713